Петя, Марго и Кубик отправляются в волшебный мир, чтобы вернуть сгоревший макет парусника. Они встречают странную птицу Пеликан, который отводит их к Пирату. Именно у него в бутылках находится в заточении множество кораблей.
Брюс и Петя изобретают эликсир бессмертия. Чтобы проверить его действие, Брюс выпивает яд. Петя должен оживить Брюса через некоторое время, но флакон с эликсиром случайно разбивается. Чтобы восстановить противоядие, дети отправляются в волшебную страну растений за редким цветком «болиголова болотного».
Марго узнает о том, что в волшебных мирах у Принцессы ночи есть платье, которое исполняет желания. Девочка уговаривает Петю отправиться за платьем. Дети и их верный друг Кубик оказываются в таинственном подземелье. Летучая мышь крадет у Пети волшебный браслет Брюса, без которого невозможно вернуться обратно. Дети бросаются в погоню.
Маг Фаттах подменяет тень Брюса, и тот вдруг становится злым. Чтобы спасти его, Марго и Петя отправляются в царство теней. Они возвращают тень Брюса хозяину.
К детям в башню пробирается магическое существо Дракониха. Она крадет артефакт и разбивает часы, песок из которых образует магический портал. В этот портал проваливаются Петя, Кубик и Марго. Им предстоит пройти немало испытаний, прежде чем они выберутся из него.
Брюс мастерит телескоп для царя. Он просит Петю слетать в волшебные миры за прозрачным камнем люменитом. Марго и Кубик увязываются за Петей. Оказавшись в волшебных мирах, дети попадают внутрь бутылки, в которой уже много лет сидит Джин. Он признается, что ужасная упыриха Поки-Хоки велела ему заманить в бутылку Брюса. Теперь детям необходимо не только найти камень, но и выяснить, зачем упырихе понадобился Брюс.
Петя, Марго и Кубик отправляются в страну сновидений, чтобы избавить Петра I от его ночного кошмара. Оказывается, своими снами распоряжается не сам Государь!
Один старый друг подарил Якову Брюсу свое изобретение — машину времени. Несмотря на запрет магистра, дети воспользовались ею. Прошлое изменилось, вызвав в настоящем череду странных и нелепых событий.